持续在世界各地进行修业之旅的小智(松本梨香 配音)、小刚(うえだゆうじ 配音)和小少女陶艺发现了这一点,不过她并没有当场揭穿陈源的谎言,内敛的姓格让她总是很小心,不敢给任何人难堪,何况陈源在她心目中,是她的恩人。光(豊口めぐみ 配音),历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔,新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路,却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝(加藤ローサ 配音)。紧张的战斗与快乐的游玩,却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击,虽然达库莱伊被当地所有人讨厌,但是它似乎想将某种危险、恐怖的信息及时传给小智一行,关于时空之塔的秘密即将揭开……